Fièvre typhoïde

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) estime le nombre de cas annuels de fièvre typhoïde entre 11 à 20 millions dans le monde, causant 120 000 à 200 000 décès par an. La maladie pose un réel problème de santé publique en Afrique, Amériques du Sud et Centrale, Asie du Sud Est, dans le Pacifique 2. Elle est responsable d’une importante consommation d’antibiotiques.

En France, les données de la Déclaration Obligatoire et du CNR permettaient de recenser jusqu’en 2020 entre 100 et 250 cas de fièvre typhoïde par an dont 83 % étaient importés (essentiellement d’Afrique et d’Asie du Sud).

Même si la majorité des cas signalés en France sont importés de l’étranger, il faut garder à l’esprit que Salmonella enterica sérotypeTyphi est toujours présente sur le territoire français et est endémique en Guyane mais surtout à Mayotte avec plus de 50 cas signalés à l’ARS Mayotte sur les 5 premiers mois de l’année 2022 3.

Depuis 2020, en raison de la diminution des voyages dans le contexte de pandémie COVID-19, le nombre de cas a chuté (84 cas en 2020 pour lesquels les souches ont été reçues au CNR en 2020). On constate une augmentation de la proportion des cas en lien avec le Pakistan 4.

S. enterica sérotype Typhi peut aussi être responsable de toxi-infections alimentaires (TIAC) mais représente une faible part des souches isolées dans les TIAC par rapport aux salmonella non Typhi.

De plus en plus de souches résistantes aux antibiotiques sont isolées :

• Après la diffusion dans les années 80 de souches multirésistantes (résistance au cotrimoxazole, au chloramphénicol et à l’ampicilline), la résistance ou la sensibilité diminuée aux fluoroquinolones, détectée au début des années 90, est désormais un problème de santé publique dans les zones d’endémie (90 % des isolats en Asie).
• La résistance aux céphalosporines de 3^ème génération (C3G) a émergé en Asie en 2016 et a été observée pour la première fois au Centre National de référence en 2018 (2,2% des souches de S. enterica sérotype Typhi). En 2019, la résistance aux C3G chez Salmonella Typhi était de 5.7 % parmi les souches reçues au CNR et de 0 % en 2020 4.

• Des souches hautement résistantes aux antibiotiques (extensively drug-resistant ou XDR) avec résistance à l’ampicilline, au chloramphénicol, au triméthoprime-sulfaméthoxazole, à la ceftriaxone et à la ciprofloxacine ont été responsables de vastes épidémies au Pakistan depuis 2015. Plusieurs cas d’infections avec ces isolats XDR, appartenant au clone H58 (maintenant 4.3.1.1.P1), ont été rapportés chez des voyageurs de divers pays du monde, revenant d’un séjour au Pakistan 5.

Chez les personnels de santé, des cas de transmission nosocomiale ont été décrits aux USA dans les années 70.

De nombreux cas ont été décrits parmi les personnels de laboratoire (cf.paragraphe suivant). 

Grâce notamment au progrès de l’hygiène, à l’utilisation de la vaccination et à la mise en place des mesures d’isolement en laboratoire, les cas documentés récents sont exceptionnels dans les pays développés.

Historiquement, la fièvre typhoïde était une des infections contractées en laboratoire les plus fréquentes : 258 cas publiés avant 1978 dont 20 décès 6.

Les bonnes pratiques de laboratoires en ont progressivement réduit le nombre.

• Une enquête menée par l’American Society for Microbiology dans 88 laboratoires a recensé entre 2002 et 2005, 6 cas d’infections à salmonelles acquises dans ces laboratoires (sans que le sérotype soit précisé), soit plus de 2 fois moins que les infections à Shigella dont l’inoculum infectieux est très bas.
• 3 cas de fièvre typhoïde acquise en laboratoire ont été rapportés en Afrique du Sud entre 2012 et 2016 en lien avec une application non rigoureuse des bonnes pratiques de laboratoire 7.
• En France, au sein du Centre national de référence (CNR) 1 seul cas à S.Typhi a été acquis au laboratoire entre 1945 et 2007, malgré l’étude de plusieurs milliers de souches sur ce centre. À noter, 1 cas survenu à la fin des années 40 après pipettage à la bouche et absorption de plusieurs ml de bouillon inoculé (pratique interdite depuis plusieurs années)