Agent pathogène Guide de lecture
Descriptif de l'agent pathogène
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Nom
SARS-CoV-2
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Type
Virus -
Groupes de classement
- 3
Virus à ARN linéaire non segmenté et enveloppé de la famille des Coronaviridae, du genre Betacoronavirus. De très nombreux coronavirus peuvent infecter les animaux. Chez l'homme, six espèces de coronavirus (CoV) étaient connues avant 2020 : les HCoV saisonniers, le SRAS-CoV et le MERS-CoV. Le septième : SARS-CoV-2, a émergé dans l’espèce humaine au cours du dernier trimestre de 2019 en Chine. Leur enveloppe porte à sa surface des protéines de surface S (spike) disposées en forme de couronne, d’où le préfixe «corona » (1).
La souche historique du SARS-CoV-2 de Wuhan a maintenant quasiment disparue, supplantée successivement par différents variants. Les derniers variants apparus en France sont le variant Delta, plus contagieux (émergé en Inde), devenu majoritaire au niveau du globe, lui-même remplacé depuis fin 2021 par le variant Omicron (sous-lignage BA.1), encore plus transmissible (émergé en Afrique australe). Ce dernier a démontré un avantage compétitif sur Delta du fait d’une transmissibilité élevée mais surtout d’un échappement plus important à la réponse immunitaire. Depuis fin février 2022, le sous-lignage BA.2 d'Omicron est devenu à son tour majoritaire (2).
Réservoir et principales sources d'infection
Réservoir
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Type(s)
- Animal
- Homme
Le réservoir initial du virus est probablement animal. Même si le SARS-CoV-2 est très proche d’un virus détecté chez une chauve-souris, l’animal à l’origine de la transmission à l’homme n'a pas encore été identifié. L’hypothèse du pangolin, petit mammifère, comme hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme, n'a pas été confirmée.
L'homme est également un réservoir avec un nombre important de transmissions interhumaines.
Par ailleurs, plusieurs espèces de mammifères peuvent être infectées par le SARS-CoV-2, soit à la suite d’un contact rapproché avec des humains ou des animaux infectés, soit lors d’études expérimentales réalisées au laboratoire : les singes, les félidés (chats, tigres), les lapins, les chiens, les furets. À ce jour, les visons sont les seuls animaux avec une possible transmission à l’homme (3).
Principales sources d'infection
Sécrétions des voies aériennes. Le virus peut être détecté dans les selles et plus rarement également dans le sang ou les urines.
Vecteur(s)
Viabilité et infectiosité
Viabilité, résistance physico-chimique
Le SARS-CoV-2 peut persister dans l’environnement (surfaces notamment) de quelques heures à quelques jours en fonction du type de support, de l’humidité, de la température, de la charge virale initiale, d'une exposition aux UV et des conditions de l’étude (conditions expérimentales ou autour des malades) (4).
Les coronavirus humains peuvent être efficacement inactivés par des procédures de désinfection des surfaces avec des solutions titrant 62-71 % d’éthanol, 0.5 % de peroxyde d’hydrogène ou 0,1 % d’hypochlorite de sodium avec un temps de contact de minimum 1 minute. Globalement, tous les produits virucides selon la norme NF EN 14476 sont efficaces sur le SARS-CoV-2 (5).
Infectiosité
Dose infectante inconnue.
La probabilité d’infection dépend de la charge virale de la source, de la voie de transmission et de la réponse immunitaire de la personne exposée. Concernant la charge virale : lors d’un résultat de RT-PCR positif sur un prélèvement nasopharyngé correctement réalisé (voir rubrique diagnostic), on a pu établir une relation inversement proportionnelle entre le Ct (Cycle threshold ou cycle-seuil) qui correspond au nombre de cycles de PCR à partir duquel le signal fluorescent est détecté par le thermocycleur et la charge virale : ainsi une valeur de Ct > 33 correspond à un marqueur de faible infectiosité ; inversement, une valeur de Ct < 23 correspond à un marqueur de forte infectiosité (6).
Par ailleurs, l’infection peut être le résultat d’une brève exposition à une dose concentrée du virus ou d’une exposition prolongée ou répétée à une dose plus faible. L’exposition à une dose importante dépend à la fois de la durée et du type de contact avec la personne infectée (7). Les mutations qui facilitent l’entrée du virus dans les cellules hôtes ou qui accroissent la charge virale des personnes infectées peuvent réduire le temps nécessaire pour recevoir une dose infectieuse.